Ông Bảy được xác định có hành vi tư lợi, nhận và đòi hối lộ khi thanh tra dự án dầu khí tuyến ống kho cảng LPG Thị Vải thuộc Tổng Công ty Dầu khí VN. Kết luận của Đoàn Thanh tra Nhà nước về dự án “có dấu hiệu bất thường”, giảm nhẹ nhiều so với dự thảo. Đoàn Thanh tra do ông Lương Cao Khải – phó vụ trưởng Vụ 1 - làm trưởng đoàn, ông Bùi Xuân Bảy là phó đoàn.

Trước khi khám xét nơi làm việc, các điều tra viên đã khám xét nhà riêng ông Bảy tại số 18 ngõ 161 phố Hoa Bằng, tổ 29, phường Yên Hòa, quận Cầu Giấy - Hà Nội. Sau hơn 1 giờ rưỡi khám xét, cơ quan an ninh đã thu được hơn 100 đầu tài liệu bao gồm một số báo cáo thanh tra và văn bản, sổ sách khác. Ông Bảy đã bị đưa về trại tạm giam B14 (Bộ Công an). Ông Bảy bị khởi tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn” theo Điều 281 BLHS. Như vậy, ông Bùi Xuân Bảy là nhân vật thứ ba thuộc Thanh tra Chính phủ bị khởi tố, bắt tạm giam về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, sau phó vụ trưởng Vụ 1 Lương Cao Khải, phó vụ trưởng Vụ 4 Dương Văn Lực.

Sau khi thanh tra dự án LPG Thị Vải, ngày 21-12-2002, Đoàn Thanh tra đã có dự thảo kết luận. Trong phần xử lý về kinh tế đã đề nghị phải thu hồi về ngân sách Nhà nước 135,7 tỉ đồng liên quan đến hàng chục đơn vị. Đồng thời, xuất toán khỏi quyết toán chi phí đầu tư công trình một số khoản chi phí vượt dự toán được duyệt là 13,4 tỉ đồng. Dự thảo cũng kiến nghị chuyển sang cơ quan điều tra để xử lý hình sự một số cá nhân liên quan đến 2 nội dung: Việc làm trái quy định chỉ định thầu và quản lý kinh tế tại Công ty Thiết bị điện tử Giao thông vận tải (Traenco), thuộc Tổng Công ty Công nghiệp tàu thủy và vụ việc xảy ra tại Công ty Thiết bị Vật tư du lịch (Tổng cục Du lịch). Sau đó, theo quy định, dự thảo này đã được đọc lần cuối cho đối tượng bị thanh tra nghe và có thể có ý kiến. Sau khoảng thời gian này, bản kết luận chính thức đã “nhẹ” một cách tương đối so với dự thảo chuyển cho đối tượng bị thanh tra. Kết luận thanh tra ngày 24-3-2003 chỉ đề nghị thu hồi cho ngân sách Nhà nước 134,8 tỉ đồng và 116.000 USD; đề nghị xuất toán hơn 8,2 triệu đồng và không còn cá nhân nào bị đề nghị xử lý hình sự.

Sau khi bị bắt, bị can Lương Cao Khải đã khai nhận, trong quá trình thanh tra dự án tuyến ống kho cảng LPG Thị Vải, ông ta đã 3 lần có phong bì “biếu” một cấp trên của mình (lãnh đạo Thanh tra Chính phủ) với tổng số tiền 110 triệu đồng. Trong đó, lần đầu 60 triệu đồng, hai lần sau mỗi lần 30 triệu đồng. Được biết, vị lãnh đạo này đã thừa nhận có nhận số tiền nói trên của Lương Cao Khải, nộp lại 110 triệu đồng lên cơ quan cấp trên sau khi Lương Cao Khải bắt đầu bị điều tra. Đồng thời, ông này cũng đã có tường trình nộp cấp trên về vụ việc nói trên.

Ngay sau khi vụ phó Vụ 2 Bùi Xuân Bảy bị bắt, Phó Tổng Thanh tra - Bí thư Đảng bộ cơ quan Thanh tra Chính phủ Mai Quốc Bình có cuộc trao đổi nhanh với các phóng viên.

Theo ông Mai Quốc Bình, việc vụ phó Bùi Xuân Bảy bị bắt là hệ quả chung của vụ thanh tra Tổng Công ty Dầu khí VN vì trước đó đã có 2 cán bộ khác của ngành bị bắt. Trước khi bị bắt, ông Bảy đã có kiểm điểm trước Vụ 4 và lãnh đạo Thanh tra Chính phủ nhưng chỉ thừa nhận sai sót có mức độ về mặt tác phong, lề lối làm việc.