Theo đó, về nguyên tắc, Bộ Tài chính nhất trí với đề nghị của Hà Nội: GCN trong trường hợp có nhà ở, công trình kiến trúc khác gắn liền với đất ở, nhà ở, thì công trình kiến trúc đó được ghi nhận trên GCN và hồ sơ địa chính. Việc đăng ký quyền sở hữu tài sản gắn liền với đất thực hiện theo quy định của pháp luật về đăng ký bất động sản. Tuy nhiên, do Luật Đăng ký bất động sản chưa được ban hành, do đó, để việc ghi quyền sở hữu tài sản vào GCN phù hợp với pháp luật hiện hành, Bộ Tài chính đề nghị UBND TP.Hà Nội lấy thêm ý kiến của Bộ Tư pháp và phải có hướng dẫn cụ thể của Bộ TNMT.

Về ghi nợ nghĩa vụ tài chính trên GCN, Bộ Tài chính đề nghị UBND TP.Hà Nội chỉ đạo thực hiện việc ghi nợ đối với những trường hợp chưa đủ khả năng nộp tiền sử dụng đất theo đúng quy định: "Hộ gia đình, cá nhân được chuyển mục đích sử dụng từ đất vườn, ao trong cùng thửa đất có nhà ở thuộc khu dân cư, nhưng không được công nhận là đất ở hoặc chuyển mục đích sử dụng từ đất nông nghiệp sang đất ở phải nộp tiền sử dụng đất theo quy định và hộ gia đình, cá nhân đang sử dụng đất được cấp GCN mà phải nộp tiền sử dụng đất theo quy định tại Nghị định 17/2006/NĐ-CP, nếu chưa đủ khả năng nộp tiền sử dụng đất cho Nhà nước thì được ghi nợ số tiền phải nộp trên GCN. Số tiền sử dụng đất ghi nợ được tính theo giá đất tại thời điểm cấp GCN".

Về thu thuế chuyển quyền sử dụng đất và lệ phí trước bạ, Bộ Tài chính cho biết, quy định hiện hành không quy định việc ghi nợ 2 khoản trên, trừ một số đối tượng là hộ gia đình, cá nhân ở các xã thuộc Chương trình 135 và đồng bào dân tộc thiểu số ở Tây Nguyên được Thủ tướng Chính phủ có quyết định cho phép ghi nợ lệ phí trước bạ nhà, đất. Do vậy, Bộ Tài chính đề nghị UBND TP.Hà Nội chỉ đạo việc thu thuế chuyển quyền sử dụng đất và lệ phí trước bạ nhà đất theo đúng quy định.