Từ tháng 7-2002, Phương đã thành lập nhiều công ty trên địa bàn TPHCM và nhập hàng từ nước ngoài về tiêu thụ hết rồi giải tán công ty để trốn thuế nhập khẩu và lừa đảo chiếm đoạt thuế GTGT. Tổng cộng Phương trốn thuế khoảng 12 tỉ đồng.
Sau một thời gian trốn lệnh truy nã, ngày 12-6, Ngô Nhật Phương đã ra đầu thú và bị cấm đi khỏi nơi cư trú.