Hội nghị lần này đã bầu PGS-TS Đồng Thị Bích Thủy, Phó Hiệu trưởng Trường ĐH Khoa học Tự nhiên TPHCM, làm chủ tịch nhiệm kỳ 2006-2009. Các đại biểu đã thảo luận về chất lượng giảng dạy ĐH, về giá trị bằng cấp, về các chương trình có cấp bằng của nước ngoài thực hiện tại khu vực và ảnh hưởng của các chương trình này với hệ thống giảng dạy ĐH tại châu Á - Thái Bình Dương. Một trong nhiều vấn đề mà hội nghị quan tâm và sẽ thực hiện trong giai đoạn sắp tới là triển khai đào tạo theo tín chỉ nhằm giúp sinh viên thuận lợi khi chuyển đổi từ trường này sang trường khác và hội nhập quốc tế.