Nguyên nhân: do trước khi đấu thầu, mua sắm thiết bị, những quan chức có trách nhiệm của Bộ GT-VT không căn cứ vào các quy định của Bộ Tài chính về hình thức, phạm vi, đối tượng phi thu phí nên thiết bị mua về đã không phù hợp với thực tế thu phí ở Việt Nam.
Ví dụ, hệ thống nhận dạng xe chỉ nhận dạng được 3 loại xe, không phù hợp với Thông tư 57/1998 của Bộ Tài chính, không có hệ thống cân động để phát hiện xe quá tải nên sau khi lắp đặt đã không vận hành được... Trước tình trạng cả 3 trạm thu phí đều “không còn phù hợp”, Bộ GT-VT đã trình Thủ tướng và đã được chấp thuận cho đầu tư mới 2 trạm với tổng giá trị đầu tư mới 28,9 tỷ đồng.
Trong khi đó, công tác thu phí cũng có nhiều sai phạm. Từ tháng 2-1997 đến hết năm 2005, Công ty Quản lý và Sửa chữa đường bộ 240, đơn vị được tổ chức thu phí giao thông quốc lộ 5, đã thu được gần 491 tỷ đồng. Trong số này, có 409,7 tỷ đồng được nộp vào ngân sách Nhà nước, trên 7,87 tỷ đồng được nộp vào quỹ hiện đại hóa, gần 3,38 tỷ đồng được nộp vào quỹ điều hòa thu phí. Còn hơn 10,17 tỷ đồng, công ty trên đã chiếm dụng để phục vụ mục đích khác.