Nguyên nhân từ chức, theo ông, là do cấp dưới dưới nhận tiền nâng điểm tốt nghiệp cho hơn 1.800 học sinh THPT trong thi 2005-2006. Nhận thấy vụ tiêu cực thi cử này đã làm ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của ngành nên ông đã xin lỗi Bộ trưởng Nguyễn Thiện Nhân, đồng nghiệp cả nước và nhân dân tỉnh Bạc Liêu.

Tuy nhiên, đơn xin từ chức của ông Tấn chưa được lãnh đạo tỉnh chấp thuận. Trước đó, ông Tấn đã gửi kiểm điểm đến Ban Thường vụ Tỉnh ủy Bạc Liêu, thừa nhận mọi khuyết điểm, sai phạm.

Trong vụ tiêu cực này, 80 người đã nhận trên 3 tỷ đồng để nâng điểm tốt nghiệp THPT. Ngoài 6 người bị khởi tố như Phó giám đốc Sở GD&ĐT, trưởng phòng GD&ĐT,... trong 74 trường hợp còn lại có 38 cán bộ ngành giáo dục.

Theo kết quả điều tra của Công an Bạc Liêu, Giám đốc Sở Giáo dục Đào tạo Nguyễn Văn Tấn đã chỉ đạo nâng điểm tốt nghiệp cho hơn 20 học sinh là con em quan chức tỉnh và người thân để "ngoại giao". Trong một năm học, hàng nghìn học sinh đã được nâng điểm để phục vụ thành tích giáo dục của Bạc Liêu, và các mục đích khác.