Ngoài ra, công trình này sử dụng ngoài mục đích quốc phòng; không có giấy phép xây dựng và không thuộc diện miễn cấp phép xây dựng.
Báo Người Lao Động tháng 10-2006 đã có loạt bài phản ánh, khi biết TPHCM có chủ trương giải phóng mặt bằng chợ sỉ thuốc tây quận 10 (thuộc TTTM quận 10) và thu hồi đất để xây dựng cao ốc, Công ty Cổ phần Thương mại Dịch vụ Tổng hợp Mười (gọi tắt là Công ty Mười) đã tiến hành xây dựng TTTM Dược phẩm và Thiết bị y tế tại khu đất của kho 706- Cục Quân y để “đón” các tiểu thương bị giải tỏa. Sau đó vào cuối tháng 10-2006, khi nhiều tiểu thương phản ánh những biểu hiện thiếu minh bạch của công ty trong việc thu tiền thuê sạp tại đây, cơ quan chức năng đã kiểm tra và phát hiện TTTM Dược phẩm và Thiết bị y tế được xây dựng không phép.