Theo Sở GD-ĐT, bậc học này đang gặp nhiều khó khăn như sĩ số học sinh trong các trường hòa nhập quá đông (đặc biệt là ở trường mầm non và tiểu học) nên việc nhận học sinh khuyết tật học hòa nhập tại các trường, lớp còn hạn chế. Đặc biệt, các cơ sở giáo dục còn thiếu giáo viên chuyên trách, thiếu cơ sở vật chất, trang thiết bị, tài liệu chuyên môn, không có kinh phí hỗ trợ nên chất lượng hoạt động, chăm sóc chưa cao...

Năm học 2009-2010, Sở GD-ĐT TP đẩy mạnh tuyên truyền, vận động toàn dân chăm lo cho giáo dục khuyết tật, thực hiện chỉ tiêu 70% trẻ khuyết tật được thụ hưởng các dịch vụ chăm sóc, giáo dục.