Hiện tại, trong nội ô TP có đến 14 điểm giao cắt giữa đường sắt với các tuyến đường có mật độ lưu lượng giao thông cao như Nam Kỳ Khởi Nghĩa, Hoàng Văn Thụ, Nguyễn Kiệm... Do đó, mỗi khi tàu hỏa chạy qua, giao thông trên các tuyến đường trên đều bị ngừng lại, gây ùn tắc nghiêm trọng, đặc biệt trong những giờ cao điểm. Ngoài ra, người dân thường ra – vào đường sắt để buôn bán, sinh hoạt nên tai nạn giao thông đường sắt tăng lên trong những năm gần đây.