Trường ĐH Công nghệ GTVT có trụ sở chính tại TP Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc, là cơ sở giáo dục ĐH công lập trực thuộc Bộ GTVT. Trường ĐH Nguyễn Tất Thành đặt trụ sở chính tại TPHCM, là trường ĐH tư thục, hoạt động theo quy chế tổ chức và hoạt động của trường ĐH tư thục.
Thủ tướng giao cho Bộ GD-ĐT có trách nhiệm kiểm tra các điều kiện bảo đảm chất lượng trước khi cho phép mở ngành đào tạo ĐH và tuyển sinh của 2 trường này.