Dự thảo quy định cụ thể 10 loại hình hàng hóa xuất nhập khẩu áp dụng thủ tục hải quan điện tử, như: hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa; hàng hóa xuất nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài, để thực hiện dự án đầu tư hay hàng hóa kinh doanh theo phương thức tạm nhập tái xuất...
Ngoài việc loại bỏ những điều không phù hợp, dự thảo thông tư cũng đưa ra những quy định mới so với Thông tư 222. Trong đó, quy định rõ trách nhiệm của các bên trong việc xây dựng, quản lý, vận hành, khai thác sử dụng hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan nhằm tạo điều kiện xác định rõ nội dung phối hợp của hải quan với các bên liên quan.