Trong quá trình giám sát, nếu phát hiện các dự án vi phạm phải quyết định ngừng thực hiện hoặc thu hồi. Đồng thời, Bộ GTVT cũng sớm hoàn thiện hệ thống các tiêu chuẩn và quy chuẩn kỹ thuật của các tuyến luồng hàng hải, xây dựng cơ chế quản lý hoạt động nạo vét, duy tu luồng hàng hải trình Thủ tướng xem xét, quyết định trong quý III/2012.
Bộ Tài nguyên - Môi trường phải phối hợp với Bộ Xây dựng và các đơn vị liên quan hướng dẫn, thống nhất việc đăng ký sản phẩm tận thu trong hoạt động nạo vét theo Chỉ thị số 29 của Thủ tướng Chính phủ về việc tiếp tục tăng cường công tác quản lý Nhà nước đối với các hoạt động khảo sát, khai thác, vận chuyển, tiêu thụ cát, sỏi lòng sông.
Trước đó, UBND TPHCM và tỉnh Đồng Nai đã lên tiếng phản đối khi Bộ GTVT cấp phép cho Công ty CP Hàng hải và Đầu tư phát triển Hiệp Phước nạo vét, duy tu luồng tuyến trên sông Đồng Nai.