Qua kiểm tra thực tế, Thanh tra Chính phủ nhận thấy rằng Bộ GD-ĐT chưa làm tốt công tác chuẩn bị dự án. Việc điều hành và hướng dẫn địa phương hằng năm không thống nhất trong việc nghiên cứu, thiết kế thiết bị mẫu, thiết bị dạy học. Bộ chưa ban hành được định mức biên chế viên chức làm công tác thiết bị, thí nghiệm.

Bộ GD-ĐT xây dựng phương án giá chủ yếu dựa vào phương án do các doanh nghiệp cung ứng thiết bị dạy học lập, trình Bộ Tài chính phê duyệt, vì vậy không sát với thị trường. Đơn giá chưa áp dụng theo các chỉ tiêu kinh tế kỹ thuật và định mức quy định nên đề nghị đơn giá cao hơn giá tối đa do Bộ Tài chính phê duyệt, dẫn đến có địa phương chỉ định thầu theo giá tối đa, gây lãng phí ngân sách. Do chưa có bộ phận trực tiếp về chuyên môn trong lĩnh vực mua sắm và đầu tư trang thiết bị, dẫn đến tình trạng nhiều địa phương áp dụng chỉ định thầu, chỉ định thầu hạn chế; chào hàng cạnh tranh, phân chia thành nhiều gói thầu để chỉnh định thầu không đúng quy định.

Kết quả thanh tra tại 41 địa phương cho thấy hầu hết các gói thầu mua sắm thiết bị dạy học đều không được chủ đầu tư lập dự toán cho việc sử dụng thặng phí, chi sai mục đích giá trị tỉ lệ thặng phí tối đa đều đưa vào giá gói thầu nhưng các Sở GD-ĐT không lập dự toán chi tiết, chưa đủ chứng từ chi phí trong hồ sơ quyết toán. Thanh tra tại 6 đơn vị thuộc Bộ GD-ĐT và một số công ty liên quan đến việc nhập và bán đàn Casio LK55VN, số tiền sai phạm đã lên tới 17,3 tỉ đồng.

Dù kinh phí đã có nhưng tới năm học 2006-2007, nhiều tỉnh vẫn chưa triển khai mua thiết bị dạy học lớp 5 và lớp 10 với số tiền lên tới hàng trăm tỉ đồng... Từ việc chậm trễ này, hậu quả là giáo viên và học sinh vẫn phải dạy chay, học chay.

Cũng theo Thanh tra Chính phủ, việc giao nhận thiết bị từ các nhà thầu cung ứng được giao cho các trường thông qua phòng GD-ĐT nhưng không được kiểm tra chặt chẽ. Các trường tiếp nhận thiết bị chỉ xác nhận, không nhận bàn giao cụ thể về số lượng, nghiệm thu về chất lượng. Vì vậy, đến khi sử dụng mới phát hiện kém chất lượng hoặc thiếu nhưng không được bổ sung kịp thời.

Cơ quan thanh tra đã kiến nghị kiểm điểm xử lý trách nhiệm cá nhân 48 người, đề nghị xử lý hình sự 1 người. Bộ GD-ĐT cũng phải chỉ đạo kiểm điểm xử lý trách nhiệm của Ban Chỉ đạo Công tác thiết bị trường học trong việc hướng dẫn, tổ chức, chỉ đạo thực hiện dự án và các đơn vị, cá nhân liên quan. Bộ Tài chính kiểm điểm và xử lý trách nhiệm của Cục Quản lý giá. UBND các tỉnh cũng phải chỉ đạo kiểm điểm, có biện pháp xử lý trách nhiệm các đơn vị và cá nhân liên quan.