Theo TTXVN, lý do mà Tòa hành chính Tòa án Nhân dânTPHCM đưa ra là đối tượng khởi kiện không thuộc thẩm quyền. Cụ thể, mục 7.3-Nghị quyết 04/2006/NQ của Hội đồng thẩm phán Tòa án Nhân dân Tối cao quy định: “đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính về quản lý đất đai trong việc giải quyết tranh chấp đất đai thì trong mọi trường hợp đều không phải là đối tượng khởi kiện vụ án hành chính”. Vì vậy, trong trường hợp này, UBND TPHCM không thuộc đối tượng thụ lý trong vụ án khởi kiện thủ tục hành chính, có liên quan đến phần diện tích đất thuộc dự án bãi đậu xe ngầm tại công trường Lam Sơn.

Trước đó, ngày 13-11-2008, Công ty TNHH Đông Dương đã nộp đơn khởi kiện UBND TPHCM. Theo đó, Công ty TNHH Đông Dương cho rằng quyết định ngừng triển khai dự án bãi đậu xe ngầm tại công trường Lam Sơn do UBND TP ban hành vào tháng 7/2008 là trái pháp luật, xâm phạm quyền và lợi ích hợp pháp của chủ đầu tư. Vì vậy, Công ty TNHH Đông Dương yêu cầu Tòa hành chính buộc UBND Thành phố Hồ Chí Minh hủy bỏ quyết định trên.

Trong trường hợp UBND thành phố không chấp thuận hủy bỏ quyết định ngưng triển khai dự án hầm chứa xe tại công trường Lam Sơn thì phải bồi thường cho doanh nghiệp này một dự án khác tương đương dự án bãi đậu xe ngầm tại công trường Lam Sơn; hoặc phải bồi thường thiệt hại là hơn 24 tỉ đồng.