Các cổ đông cho biết chỉ kiểm tra tài chính trong 4 tháng cuối năm 2007 đã phát hiện ban giám hiệu có hành vi chiếm đoạt tài sản của cổ đông trên 2 tỉ đồng. Ban kiểm soát còn phát hiện nhà trường không hề xây dựng hoặc sửa chữa cơ sở vật chất nhưng đã mua vật tư xây dựng với số lượng rất lớn: trên 16.000 bao xi măng và trên 130.000 kg sắt thép! Nhiều phiếu thu - chi không có chữ ký của kế toán trưởng. Nhiều hóa đơn giá trị gia tăng không có chữ ký của người mua hàng. Đến nay, ngoài việc chậm thực hiện quyết định của Bộ GD-ĐT về việc để ông Trần Hiếu Hạnh (năm nay đã 76 tuổi) thôi giữ chức hiệu trưởng, nhà trường chưa tiến hành tổ chức đại hội cổ đông để bầu lại HĐQT. Và cuối tháng 11-2008, ông Trần Hiếu Hạnh đã ra quyết định bãi bỏ ban kiểm soát nhà trường và các bộ phận, nhân sự khác.

Dù kể từ ngày 28-11-2008, Bộ GD-ĐT đã ra quyết định cho ông Trần Hiếu Hạnh thôi giữ chức hiệu trưởng Trường ĐH Tư thục Công nghệ Thông tin Gia Định, nhưng từ đó cho đến nay những việc điều hành trong nhà trường, giao dịch với đối tác... ông Hạnh vẫn xưng danh hiệu trưởng.