Theo bộ Giáo dục và đào tạo, dự kiến đại học này trong năm 2009 sẽ thực hiện các bước hình thành bộ máy tổ chức. Đến năm 2012 sẽ hoàn thành xây dựng cơ sở vật chất và mở được ít nhất ba khoa đào tạo trình độ đại học, thạc sĩ, tiến sĩ. Đến năm 2016 sẽ hoàn thiện trang bị cơ sở vật chất, thành lập các trung tâm nghiên cứu, và mở thêm ít nhất 5 – 7 khoa đào tạo mới, thu hút sinh viên quốc tế đến học, có các công trình khoa học đăng trên tạp chí quốc tế.

Trong giai đoạn đầu, trường đại học Khoa học công nghệ Hà Nội sẽ đặt tại viện Khoa học công nghệ Việt Nam. Cơ sở chính trong tương lai sẽ xây dựng trong khuôn viên 65 hecta tại khu công nghệ cao Láng – Hoà Lạc.