Theo đó, Thanh tra Nhà nước khẳng định không có sự khác nhau giữa kết luận thanh tra và công văn số 38/CV-HĐQT (ngày 6-8-2004 của Seaprodex giải trình thêm về kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của đơn vị từ năm 1999 đến 2003), cụ thể là về số liệu các khoản nợ khó đòi phải thu, lỗ lũy kế, nợ phải trả không có khả năng thanh toán, hàng hóa mất phẩm chất... Thanh tra Nhà nước cũng nhận khuyết điểm với Thủ tướng Chính phủ khi chậm báo cáo kết quả thanh tra vụ Seaprodex...

Tuy nhiên trong văn bản báo cáo vụ việc trên, Thanh tra Nhà nước lại “quên” báo cáo một số vấn đề mà Thủ tướng Chính phủ yêu cầu làm rõ. Cụ thể, những sai phạm của Seaprodex (vấn đề này đã được phát hiện từ lâu nhưng vì sao không được xem xét, xử lý triệt để); trách nhiệm của Bộ Thủy sản đối với hoạt động của Seaprodex; việc quyết định đầu tư xây dựng, mua sắm không hiệu quả đối với một số dự án, công trình của Seaprodex dẫn đến lãng phí, thất thoát vốn đầu tư...