Nguyên nhân của vụ cháy đã được xác định là do ống xả máy phát điện của tàu bị tắc, khi máy hoạt động phát ra muội than có lửa dẫn đến cháy tàu. Thuyền trưởng Nguyễn Ngọc Tân cho biết: “Lực lượng chữa cháy đầu tiên là 10 thủy thủ. Chúng tôi đã dùng trang thiết bị chữa cháy trên tàu tập trung dập tắt đám cháy, nhưng không thể tiếp cận được nơi phát ra sự cố vì lúc đó khói xông lên ngạt thở, tàu thì cũng không được trang bị mặt nạ chống khói”. Thủy thủ đoàn của tàu Đức Phát 36 cũng đã nhờ lực lượng có chức năng tại cảng giúp đỡ chữa cháy. Dù lực lượng công nhân và chiến sĩ Đồn Biên phòng 354 khá đông, nhưng việc chữa cháy không đạt hiệu quả vì... hệ thống phòng cháy chữa cháy (PCCC) của cảng quá thô sơ. Nếu không có 3 xe cứu hỏa của Cảnh sát PCCC Phú Yên có mặt sau đó thì tàu Đức Phát 36 đã bị cháy rụi.
Theo một đại diện của cảng Vũng Rô, hệ thống PCCC khá hiện đại của cảng với vốn đầu tư gần 500 triệu đồng đã được mua về vài tháng nay nhưng vẫn chưa thể lắp đặt hoàn chỉnh. Người ta chỉ mới lắp một số thiết bị rời, còn phần quan trọng nhất của hệ thống này là tủ điều khiển trung tâm dự kiến đặt tại nhà trực của cảng chưa thể lắp đặt được do vướng giải phóng mặt bằng!
Chưa hết, hệ thống cấp nước cho cảng cũng đã được xây dựng xong, nhưng chậm bàn giao nên nhiều tàu vào làm hàng tại cảng vẫn chịu cảnh thiếu nước phục vụ sinh hoạt của thủy thủ đoàn. Thêm nữa, là một cảng biển nhưng cảng Vũng Rô cũng không có cân điện tử nên việc xác định khối lượng các lô hàng xuất hoặc nhập qua cảng cũng gặp nhiều khó khăn...