17,5% số tờ khai thực hiện khai báo thủ công là các tờ khai phi mậu dịch (dạng quà biếu cá nhân), một số hợp đồng gia công cũ mà DN chưa nắm được chủ trương đổi mới này.
Về việc một số DN than phiền về khai báo điện tử chưa tiện ích cho DN, thậm chí còn phiền hà, đường truyền hay bị trục trặc, ông Tuấn giải thích: Mặc dù được chuẩn bị trước như nâng cấp cơ sở hạ tầng cũng như tuyên truyền, tập huấn cho DN, song khi đồng loạt triển khai, mỗi ngày có cả ngàn DN truy cập nên dẫn đến tình trạng quá tải, ngẽn mạng... Để khắc phục, những trường hợp DN khai qua mạng gặp trục trặc kỹ thuật hoặc DN ở xa chưa nắm được chủ trương áp dụng đồng loạt khai báo qua mạng, cơ quan hải quan ở các cửa khẩu vẫn chấp nhận cho DN khai báo thủ công, đồng thời hướng dẫn cũng như cung cấp phần mềm khai báo qua mạng cho DN.