Theo đó, qua kiểm tra nước thải từ 5 KCN và 50 doanh nghiệp trong và ngoài KCN của hai huyện Long Thành, Nhơn Trạch thuộc tỉnh Đồng Nai, cho thấy nước thải chưa đạt tiêu chuẩn vẫn còn thải ra sông. Do đó, đoạn sông Thị Vải chảy qua tỉnh Đồng Nai qua khảo sát cho thấy hàm lượng kim loại có độc tính cao như thủy ngân, cadinium trong lớp bùn đáy có tần suất xuất hiện khá cao tại các vị trí tiếp nhận nước xả từ các KCN Nhơn Trạch 1, 2, 3, Gò Dầu (tỉnh Đồng Nai) và KCN Mỹ Xuân (tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu). Mặt khác, hàm lượng dầu khoáng trong các mẫu bùn đáy sông Thị Vải khá lớn dù nước mặt đã được cải thiện. Đây là loại ô nhiễm gây nhiều bất lợi cho hệ động thực vật thủy sinh và động vật đáy của sông Thị Vải.