Theo đó, giải pháp đầu tiên là nạo vét để mở rộng luồng tuyến ở đoạn sông thi công cầu Phú Mỹ. Tiếp theo là thả phao nhằm hướng dẫn hướng đi và lai dắt tàu thuyền qua lại trong khu vực thi công.
Theo tiến độ thi công mới, đến tháng 7-2009, cầu Phú Mỹ mới hợp long nhịp dây văng giữa sông. Do đó, UBND TP yêu cầu các đơn vị liên quan, trong thời gian 1 năm còn lại phải chuẩn bị kế hoạch cho tàu thuyền bị ảnh hưởng cập cảng Cát Lái. Đồng thời, các cảng khi ký kết hợp đồng mới với đối tác có thể dùng tàu thuyền có độ cao thấp hơn 37,75 m.