Tỉnh Kiên Giang đề xuất phương án mô hình tổ chức bộ máy hành chính của đặc khu theo hướng thiết chế Trưởng đặc khu cùng các cơ quan chuyên môn trực thuộc và trưởng Khu hành chính, không phải là một cấp chính quyền địa phương. Mô hình này không tổ chức HĐND và UBND. Đặc khu được chia thành 9 khu hành chính.

Tổ chức cơ sở Đảng: 10/10 xã, thị trấn đều thành lập Đảng bộ cơ sở, với 10 Bí thư, 11 Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy.

Ủy ban MTTQ Việt Nam và các đoàn thể chính trị - xã hội: Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Cựu chiến binh, Hội Nông dân, Hội Liên hiệp phụ nữ.

HĐND và UBND:

+ HĐND: Hiện có 279 đại biểu thuộc 10 xã, thị trấn, với 10 Chủ tịch và 10 Phó Chủ tịch HĐND.

+ UBND: Hiện có 50 thành viên UBND thuộc 10 xã, thị trấn, gồm 10 Chủ tịch, 20 Phó Chủ tịch và 20 Ủy viên.

Toàn huyện có 1.996 cán bộ, công chức, viên chức cấp huyện, cấp xã.

Trong đó: Cấp huyện có 201 cán bộ, công chức (khối Đảng, MTTQ và các đoàn thể 89, UBND 112) và 1.554 viên chức sự nghiệp hưởng lương từ ngân sách nhà nước; cấp xã có 241 cán bộ, công chức (khối Đảng có 21 cán bộ, MTTQ và các đoàn thể có 50 cán bộ, HĐND và UBND có 170 cán bộ, công chức) và có 508 người hoạt động không chuyên trách (trong đó có 235 cán bộ ấp, khu phố).

Thực hiện nhất thể hóa chức danh Bí thư cấp ủy, đồng thời là Trưởng đặc khu. Bí thư cấp ủy cơ sở, đồng thời là trưởng khu hành chính.

Hợp nhất các cơ quan thuộc huyện ủy, cơ quan chuyên môn thuộc UBND huyện Phú Quốc, các phòng, ban chuyên môn thuộc Ban quản lý Khu kinh tế Phú Quốc thành 8 ban chuyên môn trực thuộc Trưởng đặc khu.

Hợp nhất MTTQ Việt Nam huyện và các tổ chức chính trị - xã hội thành cơ quan có tên gọi là MTTQ và các đoàn thể. Các đơn vị sự nghiệp có Trung tâm dịch vụ hành chính công và Trung tâm xúc tiến đầu tư, thương mại, du lịch.

Đặc khu kinh tế Phú Quốc đặt dưới sự lãnh đạo, định hướng chiến lược của Đảng, đảm bảo thực hiện các chủ trương, đường lối của Đảng, phù hợp Hiến pháp; đảm bảo tính thống nhất của hệ thống chính trị hiện nay; đồng thời có tính đến yếu tố đặc thù của đặc khu Phú Quốc.

Trong đề án, việc đề xuất nhất thể hóa một số chức danh; thu gọn bằng cách hợp nhất một số cơ quan Đảng, chính quyền, MTTQ và các tổ chức chính trị - xã hội, để đảm bảo mục tiêu xây dựng bộ máy tinh gọn nhưng hiệu quả.

Người đứng đầu đặc khu, nếu là Bí thư đồng thời là Trưởng đặc khu sẽ tập trung đầu mối chỉ đạo, điều hành một cách toàn diện, trực tiếp; có đủ thẩm quyền giải quyết kịp thời, nhanh chóng công việc của đặc khu theo nguyên tắc giao việc phải kèm theo giao quyền.

Người này thực hiện chức năng quản lý nhà nước, quyết định, tổ chức thực hiện toàn bộ hoạt động hành chính, kinh tế - xã hội trên địa bàn.

Theo đó, trưởng đặc khu có 116 thẩm quyền (ra quyết định của chính quyền theo quy định) trong các lĩnh vực:

- Tổ chức và đảm bảo việc thi hành Hiến pháp và pháp luật

- Xây dựng chính quyền

- Kinh tế

- Đầu tư kinh doanh

- Tài chính, ngân sách

- Quy hoạch, giao thông, vận tải, xây dựng, đô thị, nhà ở, bất động sản

- Tài nguyên, môi trường

- Công thương, hải quan

- Văn hóa, thông tin, thể dục, thể thao, y tế, lao động

- Thực hiện các chính sách xã hội và chính sách dân tộc, tôn giáo

- Đối ngoại

Đoàn ĐBQH tỉnh, HĐND tỉnh sẽ thực hiện hoạt động giám sát, chất vấn theo quy định của pháp luật.

Theo đó, HĐND tỉnh có quyền yêu cầu Chủ tịch UBND tỉnh báo cáo Thủ tướng miễn nhiệm, cách chức Trưởng đặc khu và yêu cầu Chủ tịch UBND tỉnh đình chỉ việc thi hành hoặc bãi bỏ một phần hoặc toàn bộ văn bản trái pháp luật của Trưởng đặc khu.

Trưởng đặc khu kinh tế Phú Quốc và trưởng khu hành chính còn chịu sự giám sát trực tiếp của nhân dân, MTTQ Việt Nam và các tổ chức chính trị-xã hội ở đặc khu.

Trưởng đặc khu chịu sự chỉ đạo, kiểm tra của UBND và Chủ tịch UBND tỉnh đối với các lĩnh vực quản lý của tỉnh không phân quyền, phân cấp hoặc ủy quyền cho Trưởng đặc khu.

Trưởng đặc khu kinh tế Phú Quốc có trách nhiệm báo cáo với Thủ tướng, các bộ, ngành về việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được Thủ tướng và các bộ, ngành giao và về toàn bộ hoạt động của đặc khu.