Doanh nghiệp khổ vì hoàn thuế, hóa đơn điện tử, Tổng cục thuế nói gì?

Đây là khẳng định của ông Mai Sơn, Phó Tổng cục trưởng, Tổng cục thuế, tại Hội nghị đối thoại với người nộp thuế tại 5 tỉnh, thành phía Nam năm 2024, với hơn 300 doanh nghiệp tham dự, ngày 27-9, tại TP HCM.

Trước khi hội nghị bắt đầu, có 226 câu hỏi liên quan thuế giá trị gia tăng (GTGT), hoàn thuế GTGT, hóa đơn, thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thuế nhà thầu, lĩnh vực đất đai, nợ thuế, xử phạt vi phạm hành chính… đã được doanh nghiệp gửi tới hội nghị.

Ghi nhận của phóng viên Báo Người Lao Động tại hội nghị, những khó khăn, vướng mắc liên quan đến mua bán hóa đơn điện tử, hoàn thuế GTGT được nhiều doanh nghiệp phản ánh, làm "nóng" hội trường.

Đại diện Công ty TNHH Kỹ thuật Nam Dương cho biết công ty chuyên sản xuất lắp đặt các trụ bơm xăng dầu điện tử. Các vật tư linh kiện điện tử, phần mềm cài đặt (chủ yếu là thuê nhân công IT ngoài, có khấu trừ thuế TNCN đầy đủ) và phần vật tư linh kiện điện tử, thiết bị lắp ráp hầu như nhập khẩu từ nước ngoài có tờ khai hải quan đầy đủ.

Nhưng hiện nay, trên hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục thuế không cập nhật giá trị hàng hóa của những tờ khai hải quan. Điều này dẫn đến sự chênh lệch giá trị hàng tồn kho rất lớn giữa sổ sách thực tế với số liệu trên hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục thuế.

"Mỗi khi doanh nghiệp xuất hóa đơn bán hàng, tất cả hóa đơn đều bị cảnh báo rủi ro và gửi email cảnh báo hóa đơn công ty chúng tôi là hóa đơn rủi ro, khiến khách hàng của công ty hoang mang, chậm thanh toán. Điều này gây khó khăn cho việc kinh doanh của công ty rất lớn. Một số khách hàng yêu cầu xác nhận hóa đơn công ty không có rủi ro mới thanh toán cho chúng tôi" - đại diện công ty này nói.

Trả lời doanh nghiệp, bà Ngô Thị Thùy Linh, Phó trưởng ban, Ban quản lý rủ ro Tổng Cục thuế, giải thích ứng dụng cảnh báo hóa đơn điện tử nhằm tránh trường hợp người mua, người bán bị xử phạt liên quan đến luật thuế. Trường hợp người nộp thuế chưa kê khai đầy đủ giá trị hàng hóa nhập khẩu trên tờ khai thuế GTGT, người nộp thuế cần kê khai bổ sung, liên hệ với cơ quan thuế để cung cấp thông tin, giá trị hàng hóa nhập khẩu theo thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh.

Vì vậy, Tổng cục Thuế đề nghị cơ quan thuế và công chức quản lý người nộp thuế phải thực hiện quy trình kiểm tra xác minh thông tin người nộp thuế. Đề nghị người nộp thuế liên hệ với cơ quan thuế địa phương để được hướng dẫn theo quy định.

Theo bà Ngô Thị Thùy Linh, sau khi ghi nhận ý kiến của các doanh nghiệp, Tổng cục thuế sẽ tăng cường trao đổi với cơ quan hải quan để cập nhật theo thời gian thực, hoàn thiện lại hệ số cảnh báo. Từ đó, thu hẹp phạm vi, tiến tới cải thiện hệ số cảnh báo an toàn, bổ sung tiêu chí, để xác định đúng những người nộp thuế thuộc diện rủi ro cao, phải ngưng sử dụng hóa đơn.

"Khi đó, sẽ xử lý nghiêm những doanh nghiệp vi phạm hóa đơn, doanh nghiệp ma để tiến tới lành mạnh hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp" - bà Linh khẳng định.

Tại buổi đối thoại, rất nhiều câu hỏi của doanh nghiệp khác liên quan tới hoàn thuế GTGT, vướng mắc trong mua bán hóa đơn điện tử.

Đại diện Công ty TNHH Một thành viên Sigma (Long An), cho biết về việc hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp nước ngoài, qua các năm gần đây, công ty thấy một số doanh nghiệp nước ngoài hoàn thuế rất chậm. Thậm chí chậm hơn so với cách làm bằng giấy, trong khi đó Tổng cục thuế nói đã chuyển đổi số, có dữ liệu trên hệ thống, giúp doanh nghiệp làm thủ tục dễ dàng hơn.

"Điều này gây khó khăn rất lớn cho doanh nghiệp, kiến nghị Tổng cục thuế cần phân loại hồ sơ hoàn thuế luồng xanh, vàng, đỏ như hải quan; công tác hậu kiểm cũng rất lâu, nên hoàn thuế trước và hậu kiểm sớm. Sau khi hoàn, nếu khi hậu kiểm phát hiện sai sót thì có thể truy thu hoàn ngay. Doanh nghiệp rất cần tài chính quay vòng để sản xuất kinh doanh" - đại diện Công ty Sigma nêu.

Ông Mai Sơn, Phó Tổng cục trưởng, Tổng cục thuế, cho biết đã tiếp thu ý kiến của các doanh nghiệp liên quan đến vấn đề hoàn thuế. Về vấn đề hoàn thuế, khoảng 80% doanh nghiệp đang đề nghị hoàn trước. Từ tháng 10-2023, Tổng cục Thuế đã triển khai toàn bộ tiêu chí và hệ thống phân loại hồ sơ hoàn thuế tự động, theo đó phân loại ngưỡng rủi ro để xác định người nộp thuế thuộc trường hợp hoàn thuế trước (6 ngày làm việc), kiểm tra trước (40 ngày).

Qua rà soát thực tế phát sinh nhiều trường hợp người nộp thuế chuẩn bị chưa đầy đủ hồ sơ theo quy định, kê khai chưa chính xác thông tin trên hồ sơ. Hiện cơ quan thuế đã triển khai sử dụng hóa đơn điện tử. Đề nghị người nộp thuế cần kiểm tra, chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, kiểm soát đầu vào, chủ động phát hiện hóa đơn đầu vào không đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế trước khi gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế, giảm thời gian cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ và người nộp thuế phải giải trình bổ sung thông tin… 

"Tác dụng của hóa đơn điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp giảm chi phí, còn giúp tra cứu, cập nhật kịp thời những trường hợp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp. Xác định những đối tượng doanh nghiệp ma, thành lập chỉ để buôn bán hóa đơn. Chính sách quản lý của ngành thuế hướng tới không để doanh nghiệp làm ăn bất hợp pháp ảnh hưởng tới cộng động doanh nghiệp" - ông Mai Sơn khẳng định.