Theo chúng tôi, khi áp dụng nghị định này thì bắt buộc Bộ Giáo dục và Đào tạo (GD-ĐT) phải xem xét lại quy chế đào tạo sau ĐH hiện nay bởi theo số liệu thống kê thì tính đến đầu năm 2014, cả nước có hơn 130 cơ sở đào tạo trình độ tiến sĩ và hơn 150 cơ sở đào tạo trình độ thạc sĩ.
Thông thường, việc đào tạo sau ĐH gồm hai trình độ là thạc sĩ và tiến sĩ; hai trình độ này thường nhắm đến việc đào tạo năng lực nghiên cứu cho người học, đào sâu kiến thức chuyên ngành và nhằm để người tốt nghiệp có thể tự mình nhận diện, giải quyết các vấn đề khoa học mang tính lý thuyết hoặc các vấn đề thực tiễn trong đời sống xã hội. Ở bậc học thạc sĩ có thể được đào tạo theo hướng ứng dụng nhưng với bậc tiến sĩ thì dứt khoát phải đào tạo theo hướng nghiên cứu bởi đào tạo trình độ tiến sĩ là đào tạo những nhà khoa học, có trình độ cao về lý thuyết và năng lực thực hành phù hợp, có khả năng nghiên cứu độc lập, sáng tạo, khả năng phát hiện và giải quyết được những vấn đề mới có ý nghĩa về khoa học, công nghệ và hướng dẫn nghiên cứu khoa học.
Như vậy, muốn đào tạo bậc sau ĐH, nhất là đào tạo tiến sĩ, bản thân cơ sở giáo dục ĐH phải là một cơ quan nghiên cứu sâu thì mới có thể dạy người khác nghiên cứu được. Vì thế, khi phân loại hay phân tầng các cơ sở giáo dục ĐH ra thành 3 nhóm định hướng nghiên cứu, định hướng ứng dụng, định hướng thực hành thì xét về mặt logic, chỉ có các cơ sở giáo dục ĐH định hướng nghiên cứu mới có đủ thẩm quyền khoa học để đào tạo bậc học sau ĐH.
Thế nhưng dựa theo quy chế mở ngành đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ hiện nay của Bộ GD-ĐT, chúng ta không thấy có nội dung nào quy định về loại cơ sở giáo dục ĐH nào được phép đào tạo sau ĐH mà chỉ là quy định về số lượng người có bằng tiến sĩ, học hàm phó giáo sư, giáo sư có liên quan đến ngành muốn đào tạo sau ĐH mà thôi. Do đó trong thực tế hiện nay, bất cứ cơ sở giáo dục ĐH nào có 3 tiến sĩ chuyên ngành và 2 tiến sĩ gần ngành thì đều được phép mở bậc đào tạo sau ĐH bất kể cơ sở giáo dục ĐH đó là loại cơ sở giáo dục ĐH định hướng theo loại nào.
Vì vậy theo chúng tôi, để nâng cao chất lượng đào tạo sau ĐH, Bộ GD-ĐT cần phải quy định về loại cơ sở giáo dục ĐH được phép đào tạo bậc học này theo hướng là chỉ có những cơ sở định hướng nghiên cứu mới được phép đào tạo, còn các cơ sở định hướng ứng dụng và định hướng thực hành thì chỉ được phép đào tạo bậc ĐH và thạc sĩ mà thôi, dứt khoát không cho phép đào tạo bậc tiến sĩ. Bởi vì những cơ sở này không chuyên về nghiên cứu, không hướng đến việc nghiên cứu chuyên sâu thì không nên đào tạo bậc nghiên cứu sâu như là tiến sĩ.