Theo thuyết minh thiết kế kỹ thuật và thi công của Công ty Tư vấn xây dựng công trình giao thông công chánh (thuộc Sở Giao thông - Công chánh TP Hồ Chí Minh), công trình nạo vét này kéo dài suốt tuyến kênh NLTN, từ hợp lưu đến vàm sông Sài Gòn với chiều dài gần 8,7km. Sau khi hoàn thành, dự án sẽ cải thiện đáng kể tình trạng ngập, nghẹt trên lưu vực kênh NLTN, đồng thời giảm ô nhiễm khi các loại rác, bùn dơ lắng đọng đã được nạo vét. Quan trọng hơn, sau khi công trình được đưa vào sử dụng, các phương tiện giao thông đường thủy có thể lưu thông được dễ dàng. Theo hợp đồng số 60/NLTN - HĐKT ngày 27/6/1998 với chủ đầu tư là Sở Giao thông - Công chánh TP Hồ Chí Minh, đơn vị thi công công trình này là Công ty Nạo vét đường thủy (NVĐT) 2 phải đem toàn bộ bùn đất nạo vét đổ vào bãi quy định ở xã Tam Thôn Hiệp, huyện Cần Giờ. Phương án thi công nạo vét (và hồ sơ hoàn công sau này) thể hiện 2 đoạn: Đoạn từ Cống Hộp (Q.Tân Bình) đến cầu Trần Quang Diệu và đoạn từ cầu Trần Quang Diệu đến vàm sông Sài Gòn. Ở đoạn thứ nhất, bùn đất sẽ được đưa lên hai bên bờ kênh, sau đó vận chuyển về bãi trung chuyển tại Xí nghiệp Vật tư vận tải Phú An (Xí nghiệp Phú An - đơn vị trực thuộc Công ty NVĐT 2) nằm bên bờ sông Sài Gòn thuộc P.22, Q.Bình Thạnh. Sau đó tiếp tục được vận chuyển ra đổ tại Tam Thôn Hiệp. Chi phí để đưa 1m3 đất bùn ở đoạn này đến bãi Tam Thôn Hiệp là từ 68.500 - 83.500 đồng. Còn ở đoạn 2, bùn đất nạo vét sẽ được bốc lên xà lan rồi đưa thẳng ra Tam Thôn Hiệp, chi phí là 54.500 đồng/m3. Tổng cộng có 243.071m3 đất bùn được đưa ra bãi Tam Thôn Hiệp, trong đó khối lượng bùn phải qua bãi trung chuyển là 85.320m3. Với hồ sơ hoàn công như trên, đơn vị thi công đã được ngân sách của TP Hồ Chí Minh thanh toán 16,5 tỉ đồng. Song, qua điều tra của cơ quan chức năng thì đơn vị thi công này đã gian lận để lấy tiền một cách cực kỳ táo bạo. Họ không đưa bùn thải ra bãi Tam Thôn Hiệp mà "ém" lại trong nội thành bán cho các đơn vị đang cần bùn, đất để san lấp mặt bằng. Do vậy sau khi được "nghiệm thu khống", họ đã vừa rút được tiền nhà nước, vừa thu được món lời không nhỏ từ việc "bán chất thải". Thực tế sau khi trúng thầu, Công ty NVĐT 2 chỉ giữ lại việc thi công âu đổ bùn, các công đoạn khác thì giao xuống cho Xí nghiệp An Phú thực hiện. Trong quá trình thực hiện, Xí nghiệp An Phú tiếp tục thuê một số đơn vị khác như Hợp tác xã Vận tải rác Công nông (HTX Công nông), Công ty San nền và cơ sở hạ tầng, Công ty TNHH Hiệp Thành, Công ty Cơ giới Hiệp Phát... Trong đó riêng HTX Công nông đã ký 4 hợp đồng với Công ty NVĐT 2. Làm việc với cơ quan chức năng, ông Lê Văn Thảnh (44 tuổi, ngụ tại Q.8, TP Hồ Chí Minh), người được HTX Công nông giao trực tiếp thực hiện hợp đồng cho biết, thực hiện 4 hợp đồng trên, từ tháng 7/1998 đến tháng 12/1999, ông đã nạo vét và vận chuyển bùn đất ở các đoạn cầu Sạn, Ông Tạ, Lê Văn Sỹ, Trần Quang Diệu... với số lượng 210.000m3 nhưng đã đem đổ trong nội thành khoảng... 160.000m3. Duy chỉ có một lần, theo yêu cầu của Xí nghiệp An Phú, ông Thảnh phải vận chuyển khoảng 10.000m3 bùn đất ra bãi trung chuyển để đơn vị này tiếp tục chở ra Cần Giờ nhằm... phục vụ cho việc quay phim, chụp ảnh của báo chí(!). Theo ông Thảnh, Xí nghiệp An Phú hứa sẽ trả thêm cho ông 18.000 đồng/m3 nhưng sau đó họ cũng "xù" luôn.
Tương tự, 15 đơn vị, cá nhân khác sau khi làm việc với cơ quan chức năng cũng thừa nhận họ đã ký hợp đồng với Xí nghiệp Phú An để thi công nạo vét và vận chuyển bùn đất tại kênh NLTN ở những đoạn khác nhau, mỗi cá nhân, đơn vị nhận thi công từ vài ngàn đến vài chục ngàn m3 bùn đất, trong đó có đơn vị thừa nhận họ đã thuê xe ben chở đi bán cho những nơi có nhu cầu san lấp mặt bằng như: Công ty TNHH Hiệp Thành, Công ty San nền, ông Nguyễn Duy Hinh, ông Phan Văn Lĩnh (với tư cách cá nhân). Chỉ riêng những cá nhân, đơn vị mà cơ quan chức năng trực tiếp làm việc được cũng đã thừa nhận là đã bán cho những người có nhu cầu san lấp mặt bằng trong nội thành khoảng 215.000m3 đất bùn. Không chỉ những nhà thầu phụ mà các đơn vị tổ chức giám sát cũng đã thừa nhận sai phạm. Tổ trưởng Tổ Giám sát Võ Thanh Cường (thuộc Công ty Tư vấn xây dựng công nghiệp và đô thị Việt Nam - đơn vị được Sở Giao thông - Công chánh TP Hồ Chí Minh ký hợp đồng giám sát công trình) cho biết, theo phương án kinh doanh đoạn từ Cống Hộp đến cầu Trần Quang Diệu phải vận chuyển ra bãi trung chuyển ở P.22, Q.Bình Thạnh nhưng tổ giám sát không giám sát chi tiết và không đủ khả năng giám sát chi tiết, chỉ thấy có xe vận chuyển bùn khỏi công trường, còn có chở đến bãi trung chuyển hay không ông Cường không biết. Ông Cường thừa nhận có một khối lượng bùn được mang đổ trong thành phố mà không mang ra Cần Giờ. Nghiêm trọng hơn, các cán bộ này còn cho biết những "người có trách nhiệm" của công trình còn lấy đất bùn của một công ty khác đem đổ vào bãi quy định với giá rẻ rồi "hợp thức hóa" để lấy tiền nhà nước với mức giá cao hơn gần 10 lần. Ông Vũ Tiến Dũng, Xáng trưởng xáng H8, thuộc Công ty NVĐT 2, là người trực tiếp thổi bùn kênh NLTN để mang đến bãi Tam Thôn Hiệp khai nhận, chủ đơn vị thi công đã lấy 9.500m3 đất nạo vét của Công ty 86 (cũng thuộc Công ty NVĐT 2) đang nhận thi công nạo vét Cảng Bến Nghé mang đi đổ vào bãi Tam Thôn Hiệp, trong khi đơn giá thực tại Cảng Bến Nghé chỉ có 6.500đ/m3 nhưng đơn giá mà Nhà nước phải thanh toán là 54.500 đ/m3. Khi được cơ quan chức năng gọi hỏi, hầu hết các cán bộ lãnh đạo của Xí nghiệp An Phú cũng đã thừa nhận số lượng hơn 200.000m3 đất bùn từ công trình này "đổ trong thành phố" mà không đưa ra Cần Giờ. Các vị này cũng thừa nhận hồ sơ hoàn công được lập không đúng như thực tế. Đặc biệt, ông Lê Trần - Phó giám đốc Công ty NVĐT 2, là Chỉ huy trưởng của công trình thì nói tỉnh rụi rằng "việc tổ chức đổ bùn trong thành phố là sai nhưng vì khối lượng bùn đất nạo vét đã phát sinh quá lớn, khoảng 60 - 70% so với thiết kế". Trong khi đó ai cũng biết nếu thi công đúng theo phương án thì không thể có khối lượng đất bùn phát sinh bởi lẽ việc nạo vét này theo một quy trình khép kín.

Theo tài liệu cơ quan chức năng đã thu thập được thì chỉ có khoảng 7,3 tỉ đồng mà Xí nghiệp An Phú ký hợp đồng với 16 nhà thầu phụ là có chứng từ, gần 10 tỉ đồng còn lại đến nay phía đơn vị thi công vẫn chưa chứng minh được có dùng vào việc nạo vét kênh NLTN hay không. Và một thực tế hiển nhiên nữa mà ai cũng nhìn thấy là đến thời điểm này kênh NLTN vẫn chưa thể "thông thoáng, sạch đẹp" như mọi người đều mong muốn!

Theo TN