Theo đó, có ba phương án xử lý cụ thể để các doanh nghiệp lựa chọn: Tiêu hủy trong các cơ sở xử lý chất thải nguy hại đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp phép; xử lý trong các nhà máy xi măng lò quay; đưa vào làm nguyên liệu tại các bể thu hồi khí metan có dung lượng lớn (bể biogas).
Theo Bộ Tài nguyên và Môi trường, trách nhiệm của các doanh nghiệp có sản phẩm sữa nhiễm melamine là phải liên hệ với các chủ phương tiện của các hệ thống tiêu hủy để ký kết hợp đồng và chuyển giao nguyên liệu đến nơi tiêu hủy. Giá thành của việc tiêu huỷ sẽ do hai bên tự thỏa thuận và bên có sản phẩm tiêu huỷ phải chịu hoàn toàn chi phí. Tuy nhiên,việc giám sát sẽ do các cơ quan chức năng thực hiện một cách chặt chẽ.
Trước đó, vào ngày 7-11, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã có ý kiến chỉ đạo về việc xử lý sản phẩm nhiễm melamine, theo đó, tái xuất đối với các nguồn sữa, nguyên liệu sữa, sản phẩm sữa đã nhiễmchất melamine được nhập chính ngạch từ Trung Quốc (TQ). Tiêu hủy đối với các nguồn nguyên liệu sữa không rõ nguồn gốc xuất xứ, hoặc kém chất lượng, mặc dù kết quả kiểm nghiệm âm tính với melamine; sản phẩm sữa sản xuất tại VN có nguồn nguyên liệu của TQ có kết quả kiểm nghiệm dương tính với melamine.