Mặc dù dự kiến quý 2 năm 2022 nhà máy sẽ đi vào hoạt động và xử lý một phần nước thải sinh hoạt cho các quận Đống Đa, Ba Đình, Tây Hồ, Cầu Giấy, Hà Đông, Hai Bà Trưng và huyện Thanh Trì. Tuy nhiên, đến thời điểm hiện tại, dự án xây dựng nhà máy xử lý nước thải Yên Xá đang bị chậm tiến độ so với kế hoạch đề ra, đang trong quá trình xây dựng và chưa thể đưa vào vận hành.